L'action du conte se situe entre 1689 et  169, ver la fin du règne de Louis XIV, juste après la révocation de l'Edit de Nantes qui assurait une forme de tolérance religieuse en France. L'argument du conte est simple : un jeune sauvage inexpérimenté débarque en France et pose un regard étonné et naïf sur les moeurs qu'il découvre. Ce regard étranger permet au philosophe d'attaquer les vices de son époque, en passant par le détour d'une fiction et d' un personnage. 

Ce jeune Huron arrive le 15 juillet 1689 en Bretagne et retrouve par le plus grand des hasards , son oncle et sa tante : l'abbé de Kerkabon et sa soeur. Il tombe assez vite amoureux de Mademoiselle de Saint-Yves qu'il ne peut épouser car elle est devenue sa marraine lors de son baptême.  Cette partie du conte est pour Voltaire l'occasion de nous faire réfléchir aux conventions religieuses et de faire la satire des moeurs de Province. L'Ingénu décide de partir à Versaille pour obtenir l'autorisation d'épouser la jeune fille qu'on a fait enfermer dans un couvent. 

En chemin, Il découvre alors les persécutions dont sont victimes les huguenots ; Accusé d'espionnage au service de la cause protestante, il est emprisonné à la Bastille et découvre un compagnon de cellule janséniste, le sage Gordon, qui va entreprendre de l'éduquer. Pendant qu'il croupit en cellule, sa fiancée s'est enfuie, est arrivée à la Cour et a du céder au chantage de l'infâme  Saint-Pouange; elle a accepté de coucher avec lui en échange de la libération de l'Ingénu. Désespérée et honteuse, Mademoiselle de Saint-Yves va mourir de chagrin  à son retour en Bretagne et l'Ingénu, fortement attristé par la mort de la jeune femme, échappe de peu au suicide. Il deviendra à la fois  un guerrier et un philosophe intrépide; Quant au sage Gordon, il prend comme devise celle qui pourrait être la conclusion des aventures du jeune Huron  : "malheur est bon à quelque chose".