Le régime, malgré les répressions des opposants sans-culottes et royalistes, reste un régime fragile et contesté. Les dirigeants doivent s'appuyer sur les militaires pour pouvoir assurer la survie du régime.

Certains dirigeants du Directoire (Sieyès) voulaient renverser le régime pour donner plus de pouvoirs aux Directeurs. De plus, les armées françaises subissaient des défaites militaires en Italie (août 1799). Ils firent appel au plus populaire des généraux revenu d'Egypte, Napoléon Bonaparte, pour organiser un coup d'Etat militaire contre les députés les 9-10 novembre 1799 (18-19 brumaire an VIII). Bonaparte impose l'abolition du régime et met en place avec Sieyès un nouveau régime, le Consulat.